大约在3000年前，一群在大海中漂流的独木舟船员发现了马里亚纳群岛（包括关岛）。根据语言的相似性，人们断定这些船员来自于印度马来西亚地区 。

岛上拥有高度发达的文化，最好的例证就是拉提文化（Latte Culture）（拉提石被认为是商会上层人物房屋的基石）。拉提石复杂的开采以及堆砌（一些拉提石重达数吨，并且要从几公里之外的采石场运到房屋建造地）向人们展示了一个复杂而又繁荣的社会体系。直到1521年，麦哲伦登上关岛，拉提石遗址已经废弃多时，人们似乎忘记了这些遗址的由来。

麦哲伦在一个不合时宜的情况下强行登陆，短暂逗留后离去。这些岛屿后来被命名为Islas de los Ladrones (小偷之岛)，这个名字一直沿用到1668年，那一年第一位西班牙传教士Fr. Sanvitores在关岛建立了第一个欧洲殖民地。

西班牙人对关岛的统治导致了他们和岛上居民长达几十年的冲突。据说，在欧洲人发现关岛之初，岛上居民有50000名，而到了1720年底，岛上居民只剩下1500-2000名。

这些幸存的岛上居民，就是现在我们所说的“查莫洛人”，他们和西班牙的戍卫部队通婚，繁衍后代。而西班牙的部队里不仅有西班牙人，还有墨西哥人、塔加路族人。这些幸存者后来成为了狂热的天主教徒，在战争期间，他们全数迁往关岛。

在十九世纪早期，一小群卡若兰人被允许在塞班岛上安家落户，这就是后来北马里亚纳群岛的第二支土著居民的祖先。

在1898年的西班牙和美国战争之后，西班牙向德国出售了除了关岛以外（关岛已被美国占领）的所有岛屿。虽然岛上的德国官员从来没有超过20人，但是他们引进了农业科学以及西方的土地所有权观念。

由于欧洲本土的第一次世界大战开战，1914年日本人从德国人手中夺取了这些岛屿。日本向岛上输入了数以万计的居民（仅在北马里亚纳群岛就有20000人），这些日本人主要从事商业捕鱼和甘蔗种植 。

在第二次世界大战中，这些岛屿成为了太平洋战场的军事要冲，而美国和日本军队在马里亚纳群岛上发生了最为血腥的数场战斗。1945年8月，美国B29轰炸机从天宁岛上升空，发射了二战中唯一的核武器。1945年日本投降以后，美国海军驻扎在岛上，充当管理者。之后，这些岛屿成为美国的“太平洋岛屿托管领土（Trust Territory of the Pacific Islands）”。

根据领土托管协议以及美国统治的原则，这些岛屿逐渐重新获得自治权，而北马里亚纳群岛通过1975年的全民投票而选择加入了美国这个政治大家庭。而自1947年就被当作一整个地区而被美国领土托管的其它岛屿分裂成为马绍尔群岛共和国、密克罗西尼亚联邦以及帕劳共和国。